自序
卷一
祷告药皇誓疏
温证论治
人身一小天地论
书方宜人共识说
卷二
日讲杂记
《金匮》上工治未病一节辩
辨《金匮》之
二阳之病发心脾解
维脉为病论治
张、刘、李、朱后，当以薛、张、吴、喻配为八大家论
医宜博览论
读《伤寒补天石》、《贯珠集》二书合记
妊娠阴脉小弱论
读书十则（有小序）
读书须看反面
读书须悟对面
读书须识正旨
读书必须汇参
读书须立主见
读书必须隅反
读书须善比例
读书须剔错处
读书须汰衍说
读书须辨讹字
卷三
石芝医话
管见刍言
核骨踝胫辩
烂喉丹痧论
脏腑受盛辩
大温中饮炙甘草汤合论
论柴胡
论犀角、升麻
辨紫茸之伪
辨郁金之误
大豆黄卷辩
瘟疫赘言
合论丹溪景岳相火大意
升降出入说
寸口趺阳紧脉不同论
中腑中脏辩
卷四
人身一小天地亦有南北两极论
命门脉诊辩
治肝补脾论
四维相代，阳气乃竭解
膀胱者州都之官，津液藏焉，气化则能出矣解
膀胱上口论
五芩散解
辨《素问》“浊气归心”之讹
祖气论
连珠
卷五
痘毒藏脾经说
痘出同时论
痘由太阴转属阳明论
题费建中《救偏琐言》
回澜论
葵菜预解痘毒说
拟张令韶《伤寒直解》辨证歌
卷六
三皇药王考
《脉诀》正讹
三焦论赘言
认疫治疫要言
趋庭杂记
辨医书音义
夏月忌枳说
喜伤心恐胜喜解
恐伤肾思胜恐解
思伤脾怒胜思解
怒伤肝悲胜怒解
忧伤肺喜胜忧解
百合病赘言
卷七
辨脾胃升降
气有余便是火解
东垣景岳论相火辩
古今元气不甚相远说
四时皆有伤寒说
幼科似惊非惊辩
痘科伏毒急于闷症说
司天运气赘言
周身经络总诀（有小序）
卷八
木郁达之论
颐毒颐字辩
方药等分解
保护元阳说
读《伤寒论》附记
论白?
烂喉痧论
烂喉丹痧治宜论
痧疹今昔不同，治法亦异说
辨《活人书》妇人伤寒之说
摄生杂话
卷九
四大家辩
论《医宗必读》
论读景岳书不可专得其温补之益
考正古方权量说
《生气通天论》病因章句辩
申明三年中气候相乖化疫之说
卷十
虚劳论
读先祖保阴煎谨记
六味地黄丸方解
八味地黄丸方解
司天运气征验
卷十一
三焦说
命门说
阴阳常变论
中道说
三百九十七法考