序一
序二
卷一 运气（上）
太极图论
阴阳体象
五行生成数解
五行统论
每日气数百刻六千分解
四季日躔宿度昼夜长短刻数
二十四气七十二候
斗纲解
十二辰次六合解
二十八宿过宫歌
二十八宿说
中星岁差考
奎壁角轸天地之门户说
气数统论
附：元会运世总数
禹贡丸州分野
卷二
运气（下）
卷三
经络（一）
卷四
经络（二）
卷五 经络（三）
诸部经络发明
卷六 经络（四）
手太阴肺经穴
手阳明大肠经穴
足阳明胃经穴
足太阴脾经穴
手少阴心经穴
手太阳小肠经穴
卷七 经络（五）
足太阳膀胱经穴
足少阴肾经穴
手厥阴心包络经穴
手少阳三焦经穴
卷八 经络（六）
足少阳胆经穴
足厥阴肝经穴
任脉穴
督脉穴
卷九 经络（七）
奇经八脉
卷十 经络（八）
奇俞类集
卷十一 针灸要览
十四经针灸要穴歌
诸证灸法要穴
类经附翼卷一
医易
类经附翼卷二
律原
类经附翼卷三 求正录
三焦包络命门辨
大宝论
真阴论
十二脏脉候部位论
类经附冀卷四 附针灸诸赋
天元太乙歌
玉龙赋
标幽赋
通玄指要赋
灵光赋
席弘赋
百证赋
长桑君天星秘诀
四总穴
千金十一穴
马丹阳天星十二穴