厉百程孤独半生，40多岁的时候碰到石珍珠——她因为残障，在老家倍受虐待，两人从此开始一起生活；他们住在北方某个城乡结合地带，厉百程以替人算命维生。来找他算命的主顾常常是妓女，她们都各怀心事；因为冬天太冷，又碰上扫黄打非，老两口回到老家青龙。在那里，他们去过石珍珠的娘家，又回到厉百程的老宅。春天的时候，他们重新上路，赶赴庙会，等待时来运转
徐童去河北燕郊行宫村找朋友，误打误撞地碰见了一位“算命先生”，并和他“一见如故”。那时徐童刚拍完《麦收》，还没开始剪辑。几次交谈之后，双方开始相互熟识，徐童就拿起了机器拍这位“算命先生”，他也不觉得尴尬。《算命》的拍摄周期较长，徐童一边剪辑《麦收》，一边拍摄该片。后来《麦收》完工之后，徐童就搬到燕郊住，跟“算命先生”一块过日子了。该片第一版剪辑的片长达183分钟，徐童看完后觉得太长，最后成片剪成129分钟